Можно ли систему файлов в Microsoft Windows (и подобных ей ОС) назвать иерархической? Какой смысл имеют связи между элементами этой системы? Что в ней является листьями, ветвями, корнем?

Да, можно. В этой системе файлов создаётся корневой каталог, в котором хранятся не только файлы, но и другие каталоги более низкого уровня (подкаталоги).

Листьями этого дерева являются файлы или подкаталоги, у которых нет своих ветвей. Корнем дерева является корневой каталог операционной системы. Ветвями являются стрелочки, по которым можно добраться до любого листа.

Систему файлов можно назвать иерархической. Так как в ней есть каталоги и подкаталоги. Корень - это корневой каталог, ветви это стрелочки, а листья - подкаталоги.