Всемирный Музей мамонта был создан в 1991 году по инициативе первого якутского мамонтолога Петра Алексеевича Лазарева как научный и культурный центр по изучению мамонтовой фауны, среды ее обитания и пропаганды научных знаний. В 1995 году с целью усиления научной работы, Музей перешел в состав Академии Наук РС(Я) и стал называться просто Музеем мамонта. В июле 1998 года в порядке реорганизации Постановлением Президиума АН РС(Я) он был присоединен к Институту прикладной экологии Севера АН РС(Я) в качестве структурного подразделения. В 2011 г. Музей мамонта в составе ИПЭС стал частью нового Северо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова.
